インボイス制度とは？申請方法、インボイス番号付きの領収書の発行方法を解説！

キャッシュレス決済を導入している店舗にとって、忘れてはいけないのが「インボイス制度」への対応です。2023年の制度開始以降、請求書の形式や事務処理が大きく変わり、インボイス制度への準拠が求められるようになりました。
本記事では、インボイス制度の基本から申請方法や、インボイス番号付きの領収書を発行する方法までまとめて解説します。

インボイス制度とは？

インボイス制度の概要

インボイス制度は、2023年10月から日本で導入された新しい消費税の仕組みです。この制度では、仕入税額控除を受けるために「適格請求書（インボイス）」の保存が必須となりました。インボイスには、発行事業者の登録番号や取引内容、消費税額などの記載が求められます。
制度を導入した背景には、消費税の適正な課税・徴収を徹底し、取引の透明性を高める狙いがあります。これにより、事業者間取引の証憑管理や経理業務の見直しが必要となり、特にBtoB取引や決済代行サービスを利用する企業にとっては大きな影響を与えています。 インボイス制度（国税庁）

適格返還請求書とは？

値引き・返品・キャンセルなどで取引金額を減額した場合に発行する書類のことです。通常の「適格請求書（インボイス）」が”売ったとき”に必要な書類であるのに対し、適格返還請求書は”返金が発生するとき”に必要なインボイスです。この書類を正しく発行・保存することで、買い手側は仕入税額控除を正しく受けられます。
逆に発行が漏れると控除ができないケースがあるため、事業者には必ず対応が求められる重要な書類と言えます。

課税事業者とインボイス制度の関係

課税事業者とは、年間売上が1,000万円を超える事業者で、消費税の納税義務があります。インボイス制度が始まった後に仕入税額控除を受けるには、まず最寄りの税務署で「適格請求書発行事業者」として登録する必要があります。さらに、仕入税額控除を実際に受けるには、取引ごとに適格請求書を受け取り、それをきちんと保存しておくことも必須です。仮に、適格請求書に対応していなければ、課税事業者であっても控除を受けられなくなるため注意が必要です。取引関係に悪影響が出るケースも考えられます。課税事業者にとって、制度への未対応は売上機会の損失や信用低下につながるリスクがあるため、早めの対応が求められます。

免税事業者はインボイス制度に対応すべき？

年間売上が1,000万円以下で、消費税の納税が免除されている免税事業者（個人事業主やフリーランスも含まれます）は、適格請求書発行事業者として登録できません。つまり、インボイス制度が始まると消費税分を請求できなくなってしまいます。
ただし、国税庁のホームページには『免税事業者の方はインボイスを交付できませんが、売上先には経過措置があり、当面は免税事業者からの仕入税額の一定割合は、仕入税額控除が可能です。』という案内があります。 免税事業者の方は、以下の書面から条件を確認しましょう。インボイス制度に関するQ&A「免税事業者の交付する請求書等」をご確認ください。

インボイス制度の「適格請求書発行事業者」の申請方法

事業者が申請を進める際の一般的な流れとポイントを説明します。

申請手続きの流れ

1.申請書の準備

まず、国税庁の「適格請求書発行事業者の登録申請書」をダウンロードします。次に、ダウンロードした書面の必要事項を記入します。法人か個人事業主か、また課税事業者か免税事業者かによって記載内容が異なりますので注意して記入しましょう。

2.申請書の提出

作成した申請書を税務署へ提出します。

3.審査・登録

税務署による審査が行われます。この審査が完了すると、「適格請求書発行事業者登録簿」に登録され、情報が公表されます。

4.登録番号の通知

事業者に対し、登録番号が記載された「登録通知書」が交付されます。

e-Tax（電子申請）で進める場合

• 用意するもの
• マイナンバーカードなどの電子証明書
• 利用者識別番号（e-Taxを利用するためのID）

• 進め方
• 国税庁のインボイス制度特設サイトからe-Taxソフト（WEB版やSP版）へアクセスし、ログインします。
• 画面の質問に回答していく問答形式で、申請データを作成・送信します。
• 申請データに電子署名を付与し、送信します。

• e-Tax（電子申請）での申請がおすすめの方
• 税務署の時間外に提出したい方
• 登録通知を電子データで受け取りたい方

書面（郵送）で進める場合

• 用意するもの
• 記入済みの「適格請求書発行事業者の登録申請書」（2枚組）
• 本人確認書類の写し（マイナンバーカードの写し、または通知カードと運転免許証などの写し）

• 進め方
• 必要事項を記入した申請書と、本人確認書類の写しを準備します。
• 納税地を所轄する「インボイス登録センター」宛に郵送で提出します。（税務署の窓口への直接提出はできません。）

• 書面（郵送）での申請がおすすめの方
• （インターネット環境が不安定など）e-Taxの申請に適した環境ではない方
• 登録通知を書面で受け取りたい方

インボイス番号付きの領収書を、発行する方法

1.会計システムを利用する

インボイス制度への登録は、現在お使いのクラウド会計システムや業務ソフトから手続きを進めるのが最もスムーズで簡単です。多くのシステムが、登録申請に必要な情報を入力する画面を用意しており、画面の指示に従って必要事項を入力すれば、自動で登録申請書類を作成してくれます。書類作成後は、e-Tax連携機能を使ってそのままオンラインで提出するか、または出力した書類を税務署に郵送します。普段の経理業務で使っているソフトなので、追加の手間が少なく、登録番号の管理やインボイス発行機能への移行も一元的に行えるのが大きなメリットです。登録後の運用まで見据えると、この方法がおすすめです。

2.決済代行会社を利用する

主にフリーランスや個人事業主で、特定の決済代行サービス（例：オンライン決済、クレジットカード決済、電子マネーサービスなど）をメインで利用している方は、そのサービス経由で登録手続きを進められる場合があります。決済代行会社が提供する専用の管理画面や特設ページから、インボイス登録に必要な事業者情報や口座情報などを入力し、サービス側で申請を代行、またはサポートする仕組みです。この方法は、特にBtoC取引が多く、決済システム側で売上管理や請求書発行を行っている事業者にとって便利です。普段使っているプラットフォーム内で手続きが完結するため、新たなシステムを導入する手間が省けます。ただし、利用している決済サービスが登録サポートを行っているか事前に確認が必要です。